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结局如下：
柯南(新一)在最后的几集中，因为身份被黑暗组织识破，而遭到追杀 ，黑暗组织首领下令 ，柯南(新一)和灰原哀(Sherry)知道了组织的秘密，为了不要让情报传到警方手里 ，一定要杀了他们 ，柯南(新一)不敢回毛利家，怕托累他们 ，阿笠博士的家更不能回 ，黑暗组织早就派人监视着 。
柯南(新一)和灰原哀(Sherry)躲在一间废屋里，这样躲着也不是办法 ，柯南(新一)决定一个人去与黑暗组织了断 ，灰原哀(Sherry)不同意，眼泪终于流了出来 ，抱着柯南 ，劝柯南(新一)不要去，但柯南(新一)却不听，用麻醉手表想让她睡着 ，不料却被她躲过了。
青山老师说 ，在柯南(新一)决意离开去找黑暗组织了断时，与灰原哀(Sherry)的对话很精彩!另一方面 ，警方早就秘密调查着黑暗组织的事 ，目前已经掌握足够的证据!小兰对柯南怀着疑问，偷偷地调查工藤家有没有姓江户川的远房亲戚 ，结果证实了她的想法 ，工藤家，只有住在东京的太保家和大板松田家是亲戚。
除此之外 ，还有几户远房亲戚的也都不姓江户川 ，小兰怀疑是阿笠博士弄了什麽药让新一变小了，于是决定去找阿笠博士 ，到他家门口却发现有几个穿黑色西装 ，戴太阳眼镜的可疑人在阿笠博士家附近排徊，便从后墙爬进去，一进屋发现屋里乱七八遭的 ，地上还摊着片血 。
小兰知道博士家有地下室 ，便前去，在地下室里 ，发现受伤的阿笠博士....柯南(新一)服下哀刚刚研制的暂时性解药 ，变回了原样，这个解药的效果可以维持很长一段时间!是灰原哀(Sherry)熬了几天几夜研制的 。直到第二天 ，阿笠博士醒过来了 ，同时新一也到达黑暗组织的巢穴。
博士得知自己也昏睡了一天了，怕新一出现什麽意外 ，要是落入他们(黑暗组织)手里 ，就别想活着走出来，在他无奈之际 ，在小兰苦苦逼问柯南的真实身份之际 ，博士为了新一，只有向小兰坦白，道出柯南就是新一的事实 ，并且要求小兰 ，秘密侦求警方的帮忙，并且通知毛利小五郎 ，一起去解救新一 。
小兰在得知柯南就是新一之后 ，在知道新一并没有离开她，一直都在她身边之后 ，回想了很多 ，通知了她父亲毛利小五郎，随后与警方秘密取得联系 。
新一见到了琴酒(GIN) ，伏特加 ，贝尔摩多(沙龙)跟基安蒂、科恩，在此得知 ，除他们之外 ，还有另一神秘人物，他被琴酒(GIN)称"那位先生"，也是黑暗组织的策划者-三只犬。
新一逼问黑暗组织到底在研究些什么 ，组织有什麽阴谋 ，琴酒(GIN)透露，让工藤新一死个明白 ，黑暗组织的目的是完全控制东京 ，铲除警方跟他们的克星__FBI，新一与黑暗组织展开激战 ，随后基德也加入了 ，为了查明父亲惨死的真相，与新一一起大大出手 。
其实 ，基德 ，也就是黑羽快斗，他父亲原本就是第一代怪盗基德-黑羽盗一 ，后来在一次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密组织所杀 ，快斗（基德）为了寻找那个组织，成为下一任怪盗基德，秘密调查那个杀害父亲的组织 ，那个组织 ，就是黑暗组织 。
为报杀父之仇，化身基德 ，希望能够引诱黑暗组织出来 ，不停地作案，得知高中生工藤新一因为看到了某组织的秘密交易而被变成小孩 ，基德觉得不可思议 ，记得父亲的档案里也有提过，那个组织也在秘密研究些药物。
于是 ，开始与工藤新一接触 ，其实，那几次和工藤新一对决都不是偶然的 ，都是他刻意的 ，为的就是等待黑暗组织，工藤新一找出黑按组织，后来 ，新一与黑暗组织几次磨擦 ，基德终于见到了父亲档案中提到的黑暗组织人员-琴酒(GIN)，因而开始了他的复仇计划 。
在最后一集中 ，基德被琴酒(GIN)打中右手 ，新一为救基德，最后被逼得走投无路了!琴酒(GIN)本来想结束他和基德的性命的 ，黑暗组织首脑 ，想出了一条计谋，利用新一他们做为引诱雪莉的诱耳 。每一个结局都大大出乎意料。
黑暗组织的首脑 ，其实就是铃木财团 ，铃木史郎的秘书-西野真人，看起来斯斯文文的一个小伙子 ，没想到竟然是可怕的黑暗组织的首脑 ，新一怎么也没想到，这下子，不光是小兰 ，连铃木家都要受到牵连 。
新一的父亲 ，工藤优作，在铃木财团的一次酒会中其实早就对西野真人表示怀疑 ，只是没有证据 ，于是开始调查，但结果青山老师没有透漏 ，据说 ，大大出乎意料，阿笠博士的真面目 ，毛利小五郎隐藏多年的级密档案....种种真相 ，都特别精彩 。
另外，灰原哀（Sherry） ，在最后关头中 ，非常的勇敢，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得(沙龙)跟基安蒂 、科恩 ，琴酒(GIN)与小兰一对一空手道对决 ，他也是个高手！结局大大出乎意料，也非常紧张的 ，西野真人果然利用铃木一家作为人质 ，就连警视厅最高***，地方委员都被囚禁起来。
扩展资料：
漫画《名侦探柯南》是连载于《周刊少年Sunday》的推理漫画 ，开始连载于1994年。漫画讲述了主人公江户川柯南以天生的推理能力对抗神秘组织 ，并与同伴一起解决无数案件的故事 。作品亦改编为同名电视动画 。
作品的创作契机是1992年在《周刊少年Magazine》开始连载的《金田一少年之事件簿》所引发的推理漫画热潮。该作品也是《周刊少年Sunday》为了对抗后者而诞生的 。
青山刚昌在其前一部作品《城市风云儿》连载结束后，经过仅4周时间的作品构思 ，即开始创作《名侦探柯南》漫画 。
为构思柯南的故事和形象 ，青山刚昌把阿瑟·柯南·道尔的《福尔摩斯探案全集》拿出来进行了反复研究。因为“名侦探柯南 ”这个名字会让人想到《未来少年柯南》，所以杂志主编说用“道尔 ”更好 。
但是青山觉得“柯南”比“道尔”的语感更好 ，所以坚持使用“名侦探柯南 ”这个名字 。不过在连载前 ，发表预告时主编还将漫画名字错写成了“侦探少年柯南 ”。
参考资料：
名侦探柯南大结局
《名侦探柯南》大结局（官方版）！！
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手 。在日本警方及柯南的协助下几次阻止了
其活动 ，黑暗组织决定报复 。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家 ，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部 ，gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药 。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸 ，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸 。gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团……
柯南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部 ，而一切被兰看
到。在兰的要求下 ，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部 ，组织boss大犬出现 ，其竟是日本内阁大臣 。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云 。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒 。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义 。
gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀 ，突然gin被枪击倒 。真正的gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的 。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工 ，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书 ，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑 。柯南解开血书之谜 ，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧 。大犬立时呆在当
场……
兰赶到现场，正碰到gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后gin开枪 ，兰替柯南挡下子弹 。哀对此震惊不已……
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中gin ，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下 。
对药物有强烈抗性的gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的cris出手阻拦 ，两人都受了重伤。
工藤优作 ，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手 ，十分英勇 。
在众人的围攻下 ，gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家gino的私生子的秘密后自杀 。cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院 ，并惊讶的发现哀又变
回小孩 。
黑暗组织被侦破 ，而解药只剩下一颗 。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人 。服部建议柯南变回新一来唤醒兰 ，柯南
只好如此 。而柯南变身时被布美看到。
深夜布美来到病房偷吻了新一后离去 ，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密 。
兰终于在新一的悉心照料下康复 。
由于这件案子 ，众人都变成名人 ，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学 。妃回到毛利身边并要兰去美国 。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中 ，新一看到哀和少年侦探团 的玩耍而颇感欣慰。
在机场 ，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪……
是这个吗?
1 、《名侦探柯南》大结局是 ，柯南终于找到了黑暗组织 ，而且也知道了他们的阴谋，他也找到了让自己恢复的药 。
2、柯南最后和心爱的毛利兰结婚了 ，而柯南和灰原哀只能是有缘无分 。
3、灰原哀的真实身份被琴酒发现 ，最终灰原哀杀死了琴酒，替姐姐报仇了。
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