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主要是通过核孔复合体来控制的 。是核质交换的双向 、双功能 、选择性亲水通道 。双功能：被动扩散、主动运输；双向性：介导蛋白质的入核转运；介导RNA 、核糖核蛋白颗粒的出核转运。 核孔复合体主要由蛋白质构成，其总相对分子质量约为1.25×108 ，推测可能含有100余种不同的多 肽 ，共1 000多个蛋白质分子。其中，gp210：结构性跨膜蛋白：介导核孔复合体与核被膜的连接，将核孔复合体锚定在“孔膜区 ” ，从而为核孔复合体装配提供一 个起始位点 ；并在内 、外核膜融合形成核孔中起重要作用 ；在核孔复合体的核质交换功能活动中起一定作用
p62：功能性的核孔复合体蛋白 ，具有两个功能结构域 。疏水性N端区：可能在核孔复合体功能活动中直接参与核质交换 ； C端区：可能通过与其它核孔复合体蛋白相互作用，从而将p62分子稳定到核孔复合体上 ，为其N端进行核质交换活动提供支持 。
1. 通过核孔复合体的主动运输
生物大分子的核质分配主要是通过核孔复合体的 主动运输完成的 ，具有高度的选择性，并且是双向的。选择性表现在以下三个方面：1、对运输颗粒大小的限制：有效功能直径可被调节约10～20nm ，甚至可达26nm ；2、主动运输是一个信号识别与载体介导的过程 ，需要消耗能量，并表现出饱和动力学特征 ；3 、主动运输具有双向性 ，即核输入与核输出
2.亲核蛋白与核定位信号
亲核蛋白（karyophilic protein）
核定位信号 (nuclear localization signal ，NLS) ?NLS是一些短的氨基酸序列片段，富含碱性氨基酸残基 ，如Lys 、Arg ，此外还常含有Pro ?可存在于亲核蛋白的不同部位，在指导完成核输入后并不被切除 。 ?NLS只是亲核蛋白入核的一个必要条件而非充分条件
亲核蛋白入核转运的步骤
（1）亲核蛋白通过NLS识别并结合胞质蛋白因子，形成转运复合物； （2）在胞质蛋白因子的介导下 ，转运复合物与核孔复合体的胞质纤维结合； （3）转运复合物通过改变构象的核孔复合体 ，从胞质面进入核质面； （4）转运复合物在核质面与Ran-GTP结合，导致复合物解离 ，亲核蛋白释放； （5） Ran-GTP与胞质蛋白因子复合体返回胞质 ，其中Ran-GTP水解形成Ran-GDP，与胞质蛋白因子解离并返回核内 。
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